MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 chromosome

Total Repeats: 111733

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009972	TAC	2	6	100	105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159896534
2	NC_009972	CAC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896534
3	NC_009972	GT	3	6	252	257	0 %	50 %	50 %	0 %	159896534
4	NC_009972	CAA	2	6	372	377	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896534
5	NC_009972	CAAC	2	8	430	437	50 %	0 %	0 %	50 %	159896534
6	NC_009972	TGC	2	6	529	534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896534
7	NC_009972	TGG	2	6	589	594	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896534
8	NC_009972	TTG	2	6	617	622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896534
9	NC_009972	GTC	2	6	679	684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896534
10	NC_009972	CAA	2	6	725	730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896534
11	NC_009972	GAA	2	6	734	739	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896534
12	NC_009972	CGA	2	6	778	783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896534
13	NC_009972	AAG	2	6	804	809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896534
14	NC_009972	GAA	2	6	818	823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896534
15	NC_009972	CAAA	2	8	859	866	75 %	0 %	0 %	25 %	159896534
16	NC_009972	GCTCA	2	10	871	880	20 %	20 %	20 %	40 %	159896534
17	NC_009972	CGCC	2	8	884	891	0 %	0 %	25 %	75 %	159896534
18	NC_009972	GAG	2	6	911	916	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	159896534
19	NC_009972	CTT	2	6	1045	1050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896534
20	NC_009972	TGA	2	6	1207	1212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896534
21	NC_009972	GTG	2	6	1304	1309	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896534
22	NC_009972	TGC	2	6	1317	1322	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896534
23	NC_009972	TGG	2	6	1366	1371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896534
24	NC_009972	ACC	2	6	1382	1387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896534
25	NC_009972	CATG	2	8	1390	1397	25 %	25 %	25 %	25 %	159896534
26	NC_009972	ACA	2	6	1401	1406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896534
27	NC_009972	AAT	2	6	1577	1582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	159896535
28	NC_009972	A	6	6	1598	1603	100 %	0 %	0 %	0 %	159896535
29	NC_009972	GTT	2	6	1630	1635	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896535
30	NC_009972	AAC	2	6	1749	1754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896535
31	NC_009972	CGATT	2	10	1766	1775	20 %	40 %	20 %	20 %	159896535
32	NC_009972	CCT	2	6	1804	1809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	159896535
33	NC_009972	TCGTT	2	10	1844	1853	0 %	60 %	20 %	20 %	159896535
34	NC_009972	GCT	2	6	1854	1859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896535
35	NC_009972	CAG	2	6	1864	1869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896535
36	NC_009972	ACC	2	6	1946	1951	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896535
37	NC_009972	TTG	2	6	2015	2020	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896535
38	NC_009972	GTC	2	6	2038	2043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896535
39	NC_009972	CCA	2	6	2196	2201	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896535
40	NC_009972	GCA	2	6	2215	2220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896535
41	NC_009972	AAT	2	6	2268	2273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	159896535
42	NC_009972	C	6	6	2294	2299	0 %	0 %	0 %	100 %	159896535
43	NC_009972	GAT	2	6	2303	2308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896535
44	NC_009972	TAAAC	2	10	2355	2364	60 %	20 %	0 %	20 %	159896535
45	NC_009972	GTC	2	6	2365	2370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896535
46	NC_009972	AGCC	2	8	2554	2561	25 %	0 %	25 %	50 %	159896535
47	NC_009972	AGCC	2	8	2597	2604	25 %	0 %	25 %	50 %	159896535
48	NC_009972	GCG	2	6	2657	2662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896535
49	NC_009972	TTAC	2	8	2703	2710	25 %	50 %	0 %	25 %	159896535
50	NC_009972	CCA	2	6	2765	2770	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896535
51	NC_009972	ATAG	2	8	2890	2897	50 %	25 %	25 %	0 %	159896535
52	NC_009972	TTA	2	6	2953	2958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	159896535
53	NC_009972	TAA	2	6	2969	2974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	159896535
54	NC_009972	ACA	2	6	3054	3059	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896535
55	NC_009972	GCG	4	12	3081	3092	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896535
56	NC_009972	GCC	2	6	3140	3145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896535
57	NC_009972	GATAG	2	10	3175	3184	40 %	20 %	40 %	0 %	159896535
58	NC_009972	GAT	2	6	3206	3211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896535
59	NC_009972	GCG	2	6	3223	3228	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896535
60	NC_009972	GTA	2	6	3259	3264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896535
61	NC_009972	ACA	2	6	3339	3344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896535
62	NC_009972	TCCTCA	2	12	3360	3371	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	159896535
63	NC_009972	GCC	2	6	3382	3387	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896535
64	NC_009972	CGAC	2	8	3636	3643	25 %	0 %	25 %	50 %	159896536
65	NC_009972	ATCG	2	8	3671	3678	25 %	25 %	25 %	25 %	159896536
66	NC_009972	TGG	2	6	3685	3690	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896536
67	NC_009972	CGG	2	6	3724	3729	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896536
68	NC_009972	AAG	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896536
69	NC_009972	ATC	2	6	3761	3766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159896536
70	NC_009972	GGT	2	6	3797	3802	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896536
71	NC_009972	CGG	2	6	3814	3819	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896536
72	NC_009972	TTG	2	6	3821	3826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896536
73	NC_009972	CGA	2	6	3901	3906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896536
74	NC_009972	CAC	2	6	3908	3913	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896536
75	NC_009972	CCA	2	6	3984	3989	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896536
76	NC_009972	ACCA	2	8	4011	4018	50 %	0 %	0 %	50 %	159896536
77	NC_009972	CAG	2	6	4064	4069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896536
78	NC_009972	CGC	2	6	4078	4083	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896536
79	NC_009972	TTGG	2	8	4122	4129	0 %	50 %	50 %	0 %	159896536
80	NC_009972	CAAG	2	8	4174	4181	50 %	0 %	25 %	25 %	159896536
81	NC_009972	CGG	2	6	4200	4205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896536
82	NC_009972	ATA	2	6	4209	4214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	159896536
83	NC_009972	T	6	6	4223	4228	0 %	100 %	0 %	0 %	159896536
84	NC_009972	TTC	2	6	4253	4258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896536
85	NC_009972	CAA	2	6	4277	4282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896536
86	NC_009972	CAATC	2	10	4291	4300	40 %	20 %	0 %	40 %	159896536
87	NC_009972	CG	3	6	4333	4338	0 %	0 %	50 %	50 %	159896536
88	NC_009972	TAGGC	2	10	4406	4415	20 %	20 %	40 %	20 %	159896536
89	NC_009972	TCG	2	6	4432	4437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896536
90	NC_009972	GGC	2	6	4448	4453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896536
91	NC_009972	CAC	2	6	4495	4500	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896536
92	NC_009972	TGA	2	6	4513	4518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896536
93	NC_009972	GCA	2	6	4531	4536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896536
94	NC_009972	TGA	2	6	4655	4660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896537
95	NC_009972	GCCC	2	8	4695	4702	0 %	0 %	25 %	75 %	159896537
96	NC_009972	AAG	2	6	4703	4708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896537
97	NC_009972	AGC	2	6	4713	4718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896537
98	NC_009972	TTCA	2	8	4726	4733	25 %	50 %	0 %	25 %	159896537
99	NC_009972	TCT	2	6	4748	4753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896537
100	NC_009972	CAC	2	6	4812	4817	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896537
101	NC_009972	GCC	2	6	4901	4906	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896537
102	NC_009972	ACT	2	6	4916	4921	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159896537
103	NC_009972	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896537
104	NC_009972	GAT	2	6	5002	5007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896537
105	NC_009972	AACC	2	8	5034	5041	50 %	0 %	0 %	50 %	159896537
106	NC_009972	GCAAC	2	10	5091	5100	40 %	0 %	20 %	40 %	159896537
107	NC_009972	CCA	2	6	5115	5120	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896537
108	NC_009972	GCC	4	12	5323	5334	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896537
109	NC_009972	TTC	2	6	5335	5340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896537
110	NC_009972	CAT	2	6	5436	5441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159896537
111	NC_009972	GCAT	2	8	5450	5457	25 %	25 %	25 %	25 %	159896537
112	NC_009972	GCC	2	6	5545	5550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896537
113	NC_009972	GGT	2	6	5581	5586	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896537
114	NC_009972	CTC	2	6	5656	5661	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	159896537
115	NC_009972	GAC	2	6	5748	5753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896537
116	NC_009972	AG	3	6	6007	6012	50 %	0 %	50 %	0 %	159896538
117	NC_009972	AGA	2	6	6055	6060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896538
118	NC_009972	TGGTTG	2	12	6116	6127	0 %	50 %	50 %	0 %	159896538
119	NC_009972	GAA	2	6	6149	6154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896538
120	NC_009972	TGC	2	6	6160	6165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896538
121	NC_009972	GAAT	2	8	6196	6203	50 %	25 %	25 %	0 %	159896538
122	NC_009972	GGT	2	6	6230	6235	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896538
123	NC_009972	CTG	2	6	6249	6254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896538
124	NC_009972	TGA	2	6	6322	6327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896538
125	NC_009972	CTG	2	6	6384	6389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896538
126	NC_009972	A	6	6	6392	6397	100 %	0 %	0 %	0 %	159896538
127	NC_009972	GAA	2	6	6434	6439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896538
128	NC_009972	GCG	3	9	6504	6512	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896538
129	NC_009972	GAA	2	6	6617	6622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	159896538
130	NC_009972	A	6	6	6626	6631	100 %	0 %	0 %	0 %	159896538
131	NC_009972	GCA	2	6	6659	6664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896538
132	NC_009972	AAT	2	6	6677	6682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	159896538
133	NC_009972	GAC	2	6	6709	6714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896538
134	NC_009972	TGG	2	6	6762	6767	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896538
135	NC_009972	GTA	2	6	6831	6836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	159896538
136	NC_009972	CCG	2	6	6837	6842	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896538
137	NC_009972	CAC	3	9	6939	6947	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896538
138	NC_009972	CAA	2	6	6995	7000	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	159896538
139	NC_009972	CTT	2	6	7021	7026	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896538
140	NC_009972	TTC	2	6	7067	7072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896538
141	NC_009972	TGG	2	6	7081	7086	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	159896538
142	NC_009972	TTG	2	6	7151	7156	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896538
143	NC_009972	CGG	2	6	7171	7176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	159896538
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151	NC_009972	TTG	2	6	7697	7702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896539
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157	NC_009972	TGGTGC	2	12	7885	7896	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	159896539
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243	NC_009972	ATC	2	6	13190	13195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159896545
244	NC_009972	TGGC	2	8	13212	13219	0 %	25 %	50 %	25 %	159896545
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249	NC_009972	GCT	2	6	13547	13552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896545
250	NC_009972	CCA	2	6	13590	13595	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	159896545
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253	NC_009972	GTTG	2	8	13724	13731	0 %	50 %	50 %	0 %	159896545
254	NC_009972	CGT	2	6	13749	13754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896545
255	NC_009972	CGC	2	6	13786	13791	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	159896545
256	NC_009972	CGA	2	6	13852	13857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896545
257	NC_009972	ATCG	2	8	14027	14034	25 %	25 %	25 %	25 %	159896545
258	NC_009972	ATTG	2	8	14043	14050	25 %	50 %	25 %	0 %	159896545
259	NC_009972	GTT	3	9	14078	14086	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	159896545
260	NC_009972	GCA	2	6	14172	14177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	159896545
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262	NC_009972	ATC	2	6	14414	14419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	159896545
263	NC_009972	CTT	2	6	14434	14439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	159896545
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267	NC_009972	TCG	2	6	14762	14767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	159896546
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497	NC_009972	CTTGG	2	10	28352	28361	0 %	40 %	40 %	20 %	159896555
498	NC_009972	TTGT	2	8	28428	28435	0 %	75 %	25 %	0 %	159896555
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